За пересдачи никто ничего не вернет. Вернут только сумму, указанную в договоре по оказанию образовательных услуг. Из расчета стоимости обучения 120.000 рублей вернут 15.600 рублей (т.е. 13% от этой суммы).
НДФЛ-3 - это декларация, которую берут в налоговой и заполняют там же (везде есть образцы). На вычет за образование эта декларация заполняется очень легко, сами справитесь!
Копию лицензий на Варшавке уже давно не дают, отправляют в Академический.

суть расчета примерно следующая, насколько помню.
расчитывается годовой доход по справкам 2ндфл до вычета налогов. если речь идет только о зп, то 13% соответсвенно. высчитывается фактически удержанная сумма налогов. затем годовой доход уменьшают на сумму расходов, то есть на 40000. вычисляют сумму налога к уплате. вот разницу между заплаченным налогом и суммой к уплате и вернут.
т.е., если белая зп 40000/мес, то в год это 480000. налог с них 62400.
если уменьшить годовой доход на 40000, то с 440000 налог будет 57200. разница между налогами 5200. за три года будет 15600.

А какой размер вычета, если оплачено 40.000 * 3 = 120.000

Плюс по мелочи пересдачи.

Вот от 120.000 какой вычет получится, есть ли смысл заморачиваться?

Расскажу про свой опыт.
Копию лицензии давали на Варшавке. Года полтора назад брали.
2НДФЛ была гораздо старше двух недель - ничего не сказали плохого.
3НДФЛ в обязательном порядке надо заполнять. так как 2 ндфл за вас организация сдает, а вы потом уточняете, что расходы понесли еще.
возле налоговых обычно куча всяких контор, которые за вас заполнят эту декларацию. в провинции 200 р услуга стоит. в Москве вроде 500, точно не помню.
Но, можно скачать программку (только внимание надо обратить, за разные годы они отличаются, поля некоторые разные) и самим заполнить. Там интуитивно все понятно, что заполнять. Прога сама рассчитает сколько к вычету, не придется голову ломать). Вроде так.
Да, справку просили за каждый год учебы, а именно, что в 2007-2008 студент 1 курса и т.д…